【Windows7】WinMergeで特定のファイルを結果に出力しない方法

WinMergeを実行し、ツール→フィルタでフィルタダイアログを表示します
「新規」を押下するとフィルタの公開範囲をどうするかという選択がでるので「プライベートフィルタ」を選択します
以下を貼り付けて保存して閉じます

## This is a directory/file filter template for WinMerge
name: java-class
desc: Javaのクラスファイルを表示しないようにします

## Select if filter is inclusive or exclusive
## Inclusive (loose) filter lets through all items not matching rules
## Exclusive filter lets through only items that match to rule
## include or exclude
def: include

## Filters for filenames begin with f:
## Filters for directories begin with d:
## (Inline comments begin with " ##" and extend to the end of the line)

f: \.class$ ## Filter for filename

#d: \\.*$ ## Filter for directory

するとフィルタの一覧画面の最下部に作成したフィルタが表示されます
作成したフィルタを選択してOKを押下します
するとマージ結果から.classというファイル結果がなくなります

他にもいろいろと応用できそうなので試してみてください